《关于修改〈水路运输管理条例实施细则〉的决定》已于2009年5月27日经第5次部务会议通过，现予公布，自公布之日起施行。
根据国务院《关于实施成品油价格和税费改革的通知》（国发〔2008〕37号）以及《国务院关于修改〈中华人民共和国水路运输管理条例〉的决定》（国务院令2008年第544号），交通运输部决定对《水路运输管理条例实施细则》作如下修改：
一、删除第二十七条第一款中的“航道养护费”及“和运输管理费”。删除第二十七条第三款中的“和运输管理费”。
五、将第十条第一款、第十一条、第十二条、第十八条中的“四十天”修改为“二十日”，将第十条第二款中的“十五天”修改为“二十日”。
第二条本细则适用于从事水路营业性旅客、货物运输（含旅游、渡船运输，下同）的企业、其他单位和个人；石油、煤炭、冶金、商业（含粮食）、供销、外贸、林业、电力、化工、水产以及其他对水路运输行业管理影响较大的部门从事的非营业性运输。
第三条中华人民共和国沿海、江河、湖泊以及其他通航水域中的旅客、货物运输，必须由中国企业、其他单位或个人使用悬挂中华人民共和国国旗的船舶经营。未经中华人民共和国交通运输部批准，在中国注册登记的外资企业、中外合资经营企业、中外合作经营企业（以下简称“三资企业”）或者船舶，不得经营上述水域的旅客运输和货物运输。
中国企业、其他单位和个人将运输船舶租赁给“三资企业”或者租用“三资企业”的船舶经营上述水域的旅客运输和货物运输的，亦应当按前款规定，经交通运输部批准。
第四条水路运输在国家计划指导下，实行地区、行业、部门多家经营的方针。保护正当竞争，制止非法经营。
营业性运输是指为社会服务，发生各种方式运费结算的旅客运输和货物运输，包括使用常规运输票据结算以及将运输费用计入货价内的运销结合、产运销结合、取送货制度和承包工程单位的原材料自运等各种结算方式的运输业务在内。
第七条从事水路运输业务的单位和个人，一定要遵守国家相关的法律、法规及交通运输部发布的水路运输规章。
（一）各部门、各单位要求设立水路运输企业或者以运输船舶经营沿海、内河省（自治区、直辖市，下同）际运输的，应该要申报交通运输部批准。其中经营长江、珠江、黑龙江水系干线运输的（专营国际旅客旅游运输的除外），申报交通运输部派驻水系的航务管理局批准。
（二）各部门、各单位要求设立水路运输企业或者以运输船舶经营省内地（市）间运输的，应该要申报省交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门批准；经营地（市）内运输的，应该要申报所在地的地（市）交通运输局或者其授权的航运管理部门批准。
（三）个体（联户）船舶经营省际、省内地（市）间运输的，应该要申报所在地的省交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门批准；经营地（市）内运输的，应该要申报所在地的地（市）交通运输局或者其授权的航运管理部门批准。
（四）“三资企业”要求经营我国沿海、江河、湖泊及其他通航水域内的旅客和货物运输的，应该要申报交通运输部批准。
（一）具有与营业范围相适应的运输船舶，并持有船检部门签发的有效船舶证书，其驾驶、轮机人员应当持有航政部门签发的有效职务证书；
（三）经营客运航线的，应该要申报沿线停靠港（站、点），安排落实船舶靠泊、旅客上下所必需的安全服务设施，并取得县以上航运管理部门的书面证明；
水路运输企业以外的单位和个人从事营业性运输，一定要具有上述一、二、三、五项条件，并有确定的负责人。个体（联户）船舶还一定要具有船舶保险证明。
第十条申请筹建水路运输企业或者订造船舶从事营业性运输，应当向规定的审批机关提交“水路运输企业（船舶）筹建申请书”，并抄报单位所在地和航线到达地的交通运输主管部门（从事省际运输的，抄报省交通运输主管部门；从事地（市）间运输的，抄报地（市）交通运输主管部门；从事县际运输的，抄报县交通运输主管部门，下同）。各抄报单位理应当于接到申请书的次日起，十日内向审批机关提出书面意见。审批机关应该依据社会运力运量综合平衡情况，于接到申请书的次日起二十日内给予批复。
经批准同意筹建水路运输企业或者订造运输船舶后，方可在批准的范围内进行筹建、订造船舶。筹建完毕，具备第九条规定的开业条件后，应当再向原审批机关提交“水路运输企业（船舶）开业申请书”。审批机关应当于接到申请书的次日起二十日内，对经审核合乎条件，决定批准的发给长期或者临时的“水路运输许可证”；对不予批准的，给予答复。
第十一条水路运输企业以外的单位要求以现有船舶从事营业性运输，应当向规定的审批机关提交“水路运输企业（船舶）开业申请书”，并抄报船舶所在地和航线到达地的交通运输主管部门。各抄报单位理应当于接到申请书的次日起十日内向审批机关提出书面意见。审批机关应当于接到申请书的次日起二十日内对经审核合乎条件，决定批准的发给长期或者临时的“水路运输许可证”；对不予批准的，给予答复。
第十二条个体（联户）船舶从事营业性运输，应当持乡（镇）以上人民政府的证明，向规定的审批机关提交“水路运输企业（船舶）开业申请书”。审批机关应当于接到申请书的次日起二十日内，对经审核合乎条件，决定批准的，发给长期或者临时“水路运输许可证”；对不予批准的，给予答复。
第十三条各级交通运输主管部门在审批时，应该依据被审批的水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人的管理上的水准、运输能力、客货源条件以及社会运力和运量总的平衡情况，审批其营业范围。
对一省的船舶长期（半年以上）要求固定在外省境内营运的，应当征得外省交通运输厅（局）的同意后，方可批准。但由于历史原因形成的除外。
第十四条取得运输许可证的单位和个人，应当在开业前按照《工商企业登记管理条例》的规定，持许可证向工商行政管理机关申请登记，经核准领取营业执照后，方可营业。
领取营业执照的水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，应当持营业执照向原签发运输许可证的机关，按照拥有船舶的艘数领取单船长期或者临时的“船舶营业运输证”。
第十五条各省交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门和长江、珠江、黑龙江航务（运）管理局，应当对批准开业的水路运输企业、营业性运输船舶，每半年汇总一次报交通运输部，其中长江、珠江水系各省批准的，同时抄送所在水系的航务管理局。
第十六条签发水路运输许可证、船舶营业运输证和水路运输服务许可证，可收取工本费。
第十七条水运运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，需要增减运力或者变更经营范围，应该要申报下列机关审批：
（一）交通运输部直属企业、业经交通运输部准许从事国内水运运输的“三资企业”增加运力或者变更其营业范围以及别的企业和单位增加省际运输运力或者变更其省际营业范围的，由交通运输部审批。其中属于长江、黑龙江交通运输部直属企业的，由交通运输部委托其派驻水系的航务管理局审批，但国际旅客旅游运输除外；属于其他内河省际运输的，由交通运输部委托各省交通运输厅（局）在交通运输部或者交通运输部委托其派驻水系的航务管理局确定的年度新增运力额度内审批，但“三资企业”和国际旅客旅游运输除外。
（二）省内运输增加运力或者变更营业范围，按营业范围分别申报所在省、地（市）的交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门批准。
第十八条水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，要求增加运力或者变更其营业范围，应当向规定的审批机关提交“增加运力、变更营业范围申请书”，并抄报单位所在地和航线到达地的交通运输主管部门。各抄报单位理应当于接到申请书的次日起十日内向审批机关提出书面意见。审批机关应当于接到申请书的次日起二十日内对经审核批准的，核发或者更换“船舶营业运输证”；对不予批准的，给予答复。
第十九条各省交通运输主管部门或者航运管理部门和长江、珠江、黑龙江航务（运）管理局，应当对批准增加和变更的运力，每半年汇总一次报交通运输部，其中长江、珠江水系各省批准的，同时抄送所在水系的航务（运）管理局。
第二十条水路运输企业、从事营业性运输的其他单位和个人要求停业，应当向原审批机关和工商行政管理机关办理注销手续。要求转户时，原户主应当按停业办理，新户主应当重新办理审批和注册登记手续。
第二十一条经营水路营业性旅客运输的单位和个人，一定要使用符合客船规范的船舶从事旅客运输。
第二十二条经营水路营业性旅客运输的单位和个人，应当按核定的航线、停靠站点从事运输。开业后，未经批准，不得自行取消航线或者随意减少班次和停靠港（站、点）。如需取消或者变更时，必须向原审批机关申请批准，从批准之日起一个月后，方可取消或者变更，并由沿线各客运站、点发布了重要的公告周知。水路运输企业根据自身的需求开设临时性的客运航线，按隶属关系报上级交通运输主管部门备案。
第二十三条对省际间有争议的客运航线，应当本着共同经营，互惠互利，尊重历史，兼顾实际需要的精神，由相应的交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门共同协商解决；有分歧时，报请上级交通运输主管部门协调解决。
需要做综合平衡的重点物资、联运物资、外贸进出口物资的运输计划，属于全国性的，由交通运输部负责按国家计划组织综合平衡；属于长江、珠江、黑龙江干线省际间的，由交通运输部派驻水系的航务管理局组织综合平衡；属于上述水系干线以外省际间的，按有关省商定的办法组织平衡；属于省内的，由省交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门组织平衡。
对综合平衡下达的运输计划，负责承运的水路运输企业、运输船舶和负责装卸的港埠企业，一定要按照先重点，后一般，先计划内后计划外，先到先运的原则安排作业，并与托运人或者其代理人根据《水路货物运输合同细则》及有关法律法规，签订货物运输合同，共同保证完成。
第二十五条水路运输企业及其他从事营业性运输的单位和个人，在保证完成综合平衡下达的运输计划前提下，可以在批准的营业范围内，自行组织货物运输，任何单位和个人均不得实行地区或者部门封锁，垄断货源。
第二十六条水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，一定要按照交通运输部和省交通运输厅（局）制定的运价规章和费率计收运杂费用。
各级交通运输主管部门能够准确的通过本地区的实际要和价格管理权限，在国家价格管理所允许的范围内，制订最高限价和最低保护价。
第二十七条水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，应当依照国家规定缴纳税金、规费（船舶港务费、停泊费）。
规费的计征办法，在交通部会同国务院有关主管部门统一制定前，暂按现行规定执行。
第二十八条不论全民、集体或者个体所有制水运业，依法经营的水路运输业务，其合法权益受国家法律保护，任何单位和个人不得向其非法滥收、重收、摊派各项费用。
第二十九条水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人计收客、货运输费用，一定要使用交通运输部和省交通运输厅（局）规定的运输票据（货物运单、货票和客票）。任何单位和个人不得使用其他运输票据。
第三十条水运运输票据的格式：水陆联运货物，按照全国统一规定的水陆联运货物运单、货票格式；水水联运及江海干线和跨省运输的，按照交通运输部统一规定的旅客、货物运输票据格式；省内运输的，按照省交通运输厅（局）统一规定的旅客、货物运输票据格式。
渡运的票据格式，由省交通运输厅（局）或者授权所属的航运管理部门统一规定。
第三十一条运输票据是具有运输合同、计费依据、货物交接等多功能的票据。除经交通运输部和省交通运输厅（局）批准的，财务管理制度较健全的全民所有制企业，可根据统一规定的格式印制自用外，其余一律由省交通运输厅（局）或者授权所属的航运管理部门按照有关法律法规统一印制、统一发放、统一管理。
印制运输票据的单位，必须建立票据领用管理制度。所印制的运输票据应当分类编号，列明数量，报上级交通运输主管部门和当地税务部门备案。
第三十二条水路运输企业一定按隶属系统向规定的交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门和当地统计部门报送客、货运输统计表。
石油、煤炭、冶金、商业（含粮食）、供销、外贸、林业、电力、化工、水产部门，必须要按照规定向当地的交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门和统计部门报送季度、年度营业性和非营业性客、货运输统计表；从事营业性运输的其他单位，必须要按照规定向当地的交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门和统计部门报送季度、年度营业性客、货运输统计表。
从事营业性运输的个人，必须要按照规定向当地的交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门报送季度、年度营业性客、货运输统计表。
第三十三条各级交通运输主管部门或者其授权的航运管理部门，应当负责组织督促主管范围内上述营业性和非营业性运输统计报表的及时填报，并负责逐级审核、汇总上报。长江、珠江、黑龙江水系沿线各省交通运输厅（局）或者其授权的航运管理部门，应当将汇总报送交通运输部的客货运输统计报表同时抄送交通运输部派驻水系的航务管理局。
第三十四条从事营业性运输的个体（联户）船舶一定要按照国家规定办理船舶保险；从事旅客运输的，应当办理旅客意外伤害强制险；从事货物运输的，应当积极投保承运货物运输险。
第三十五条海、河民用港口应当依照国家港口管理规定和计划安排，向运输船舶开放，提供港埠设施和业务服务。船舶进出港区一定要遵守港章，服从港口管理部门的管理。
第三十六条交通运输部主管全国的水路运输事业，地方各级交通运输主管部门主管本地区的水路运输事业。
交通运输部在长江、珠江、黑龙江水系分别派驻航务（运）管理局，统一负责干线的航运行政管理工作，在业务上指导水系沿线各省的航运管理工作。
各级交通运输主管部门依据水路运输管理业务繁简的真实的情况，设置各级航运管理机构或者航运管理人员，负责水路运输行政的管理工作。
沿海以及“三江、两河”（长江、珠江、黑龙江、淮河、京杭运河）沿线水网地区各省及其所属的地区（市）、县、乡镇，依据业务需要相应设置各级航运（务）管理机构。其他各省及地区（市）、县可以在当地各级交通运输管理机构内设置主管航运管理工作的职能部门或者设置专人，承办航运行政管理工作。
各级航运（务）管理机构的人员编制，由各级政府确定。所需经费，从行政费、事业费中开支。
第三十七条各级航运（务）管理机构及航管人员应当认真履行下列各项水路运输行政管理的职责：
（一）贯彻执行国家关于水路运输的方针、政策、法规，负责《条例》及本细则的具体实施。
（三）检查水路运输企业、各种运输船舶对国家和省级人民政府下达的运输计划的执行情况，协调运输合同执行中发生的问题。
（四）对主管范围内水路运输情况做调查研究，定期发布水运情况分析报告，负责督促汇总上报规定的运输统计报表。
（五）及时汇集和发布水运技术、经济信息，为水路运输企业和各种运输船舶提供咨询服务，组织培训水路运输管理专业人员。
（六）维护运输秩序，协调各种水运业之间、运输船舶和港埠企业之间的平衡衔接，处置纠纷；督促提高运输、服务的品质，查处重大客、货运输事故；组织交流先进运输经验，提高水运管理水平。
第三十八条各级航运管理机构及航管人员要加强对水路运输的监督、检查。检查时，应当持有检查证，佩带标志。各水路运输企业、运输船舶必须接受检查，出示有关证件，如实答复查问情况。
第三十九条违反本细则有下列行为的，交通运输主管部门或者其委托的航运管理机构可以分别依照下列各项规定予以处罚：
（一）未经批准，擅自设立水路运输企业，或者擅自从事营业性运输的，没收违法来得到的，并处违法来得到的1倍以上3倍以下的罚款；没有违法来得到的的，处3万元以上25万元以下的罚款。
持伪造、涂改、租借、非法转让、失效等船舶营运证从事营业性运输的，视为未经批准，擅自从事营业性运输。
（二）水路运输企业超越营业范围从事经营活动的，没收违法来得到的，并处违法来得到的1倍以上3倍以下的罚款；没有违法来得到的的，处2万元以上20万元以下的罚款。
（三）违反国家相关规定收取运费的，没收违反规定收取的部分，并处2万元以上15万元以下的罚款。
（四）未使用规定的运输票据进行营业性运输的，视情节轻重给予警告或者处1万元以下的罚款。
（五）未依规定缴纳规费的，责令限期缴纳；逾期仍不缴纳的，除责令补缴所欠费款外，处欠缴费款1倍以上3倍以下的罚款；情节严重的，并可以暂扣许可证。
（六）垄断货源，强行代办服务的，处1万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，并可以暂扣或者吊销许可证。
第四十条当事人对交通运输主管部门的处罚决定不服的，可以向上一级交通运输主管部门申请复议；对上一级交通运输主管部门的复议决定不服的，可以自接到复议决定书之日起十五日内向人民法院起诉。当事人期满不起诉又不履行的，交通运输主管部门能申请人民法院强制执行。
第四十一条各级航运（务）管理机构的工作人员在工作中应当模范遵守法纪，礼貌待人，秉公办事，如有违反《条例》及本细则规定，侵犯水路运输企业或者其他从事水路运输的单位和个人的合法权益，应当由交通运输主管部门视情节轻重给予行政处分或者经济处罚。
第四十二条违反《条例》及本细则的规定，应当受治安管理处罚的，由公安机关处理；构成犯罪的，由司法机关依照法律来追究刑事责任。
第四十三条本细则不适用于国际航线的水路运输和以排筏作为工具的水路运输。但各省交通运输厅（局）可另行制订省内排筏运输管理办法。
第四十四条对水路运输行业管理影响较大的非营业性运输船舶的审批办法，由交通运输部会同有关部门另行规定。
第四十六条各省交通运输厅（局）可根据《条例》及本细则的规定制订具体实施办法，报交通运输部备案。